Sarazenennot und Passpolitik lenkten die Aufmerksamkeit der deutschen Kaiser auf das Kloster. Disentis wurde zur Hüterin des Lukmanierpasses. Otto I. (936–973) und Friedrich I. Barbarossa (1152–1190) begingen diesen Weg in den Süden. Das Kloster erhielt Schenkungen bis in die Lombardei. Andererseits übergab der Sachsenkaiser Heinrich II. (1002–1024), der den Brenner bevorzugte, das Kloster 1020 dem Brixener Reichsbischof. Das Kloster wurde zum Spielball der Kaiser und hatte alle Mühe, seine Selbständigkeit zu erhalten. Erst das Wormser Konkordat von 1122 brachte das Ende des «Investiturstreites» und damit die Befreiung der Kirche aus weltlicher Einmischung. Disentis wurde nun selbst aktiv in der Passpolitik und errichtete mehrere Hospize an der Lukmanierroute.
Das Disentiser Herrschaftsgebiet reichte von Breil/Brigels bis zum Furkapass. Mit der Zunahme der Bevölkerung errichteten die Äbte selbständige Pfarreien. Damit zeichnet sich das bis heute typische Nebeneinander von Kloster und Pfarrei Disentis ab. Der Abt bestellte für seine Eigenkirchen weltliche Geistliche. Das Kloster selbst zählte zu die ser Zeit meist nur eine Handvoll Mitglieder. Während der Pest 1348/49 starben drei von fünf Konventualen.
Auch in der Sutsassiala erweiterte das Kloster seinen Einfluss. Ende des 12. Jahrhunderts dürfte die Erweiterung der Herrschaft, die Cadi (Casa Dei), ihren Abschluss gefun den haben. Da sich kirchliche und politische Grenzen deckten, sind Pfarrei und Talgemeinde zu jener Zeit vermutlich identisch gewesen. Die Äbte besassen die hohe Gerichtsbarkeit über Leib und Leben der Gotteshausleute und hatten das Recht auf den Markt. Ihre Herrschaft sollte aber bald durchlöchert werden. Laienverwalter sind für Ursern 1203 und für das Medel 1322 nachgewiesen, während für das Tujetsch und Disentis die Belege fehlen.
Disentiser Klosterherrschaft
Ende des 12. Jahrhunderts setzte vom Wallis her die Einwanderung der Walser ein. Ihnen wurden die bisher unbesiedelten steilen und schattigen Hänge überlassen. Die Walser hatten für ihre Güter dem Abt einen Erblehenszins abzugeben. Urserntal wurde die niedere Gerichtsbarkeit bald von den Talleuten selbst bestellt. Damit begann die Emanzipationsbewegung, die dereinst zum Auskauf der Talschaft vom Kloster führen sollte. Freie Kolonisten kamen aber auch von Osten her und liessen sich in Breil/Brigels und Sumvitg nieder. Sie gehörten zu den sogenannten äusseren Freien von Laax.
Als Reichskloster war Disentis offenbar schon im 12. Jahrhundert einem Vogt unterstellt. Diese Funktion übte im Dienste der Lenzburger Grafen die Familie della Torre im Blenio aus, 1213 Heinrich von Sax-Misox und ab Mitte des 13. Jahrhunderts die Werdenberger. Auch die Gotteshausleute erlangten vermehrt Einfluss auf die klösterliche Herrschaft. Tüchtige Ministerialen bauten im 12./13. Jahrhundert ihre Burgen. 1251 tritt die Landschaft Disentis erstmals als Rechtsperson auf. Auch die Cadi urkundete mit eigenem Siegel.
Obwohl die Abtei 1278 die Exemption und damit die Freiheit von weltlicher Einmischung erlangte, sank ihr Einfluss langsam dahin. In der Folgezeit galt es, zwischen dem traditionellen Feudalismus und den Autonomiebestrebungen zu vermitteln. Abt Johannes von Ilanz (1367–1401) kam seinen Untertanen geschickt entgegen und gewährte der Cadi einen selbständigen Ammann: 1371 ist der erste Mistral bezeugt. Das Gericht verfügte über die niedere Gerichtsbarkeit. Mit dem Ilanzer Bund vom 14. Februar 1395 wurde die politische Einigung der Gebiete an der Lukmanierroute bekräftigt. Die rätischen Dynasten und die bündnerischen Gerichtsgemeinden standen dabei auf gleicher Stufe. Die gemeinsamen Anstrengungen waren umso gebotener, als am Gotthard die Urner immer mehr nach der Macht strebten und die Äbte sich zur Wehr setzen mussten. Andererseits konnte sich das Kloster 1401 aus der Vogtei der Werdenberger loskaufen.
Die Erneuerung des Ilanzer Bundes erfolgte am 16. März 1424 unter dem Ahorn (ischi) von Trun. An der Spitze des Bundesbriefes standen Abt Petrus von Pontaningen (1402–
1438) und die Gemeinde Disentis vor dem Freiherrn von Räzüns und dem Grafen von Sax-Misox mit ihren Gerichten. 1471 wurde der Graue Bund mit dem Zehngerichtebund zusammengekettet. 1497 liess er sich als erster der drei Bünde als Zugewandten Ort in die Eidgenossenschaft aufnehmen. 1524 entstand die erste eigentliche Verfassung für den Freistaat Gemeiner Drei Bünde mit seinen 48 Gerichtsgemeinden. Sie sollte bis zur französischen Revolution in Geltung bleiben.
Auf den Kauf der Herrschaft Jörgenberg durch das Kloster Disentis 1472 reagierte die Cadi mit dem Erzwingen einer Vereinbarung zwischen Abtei und Gemeinde. Von da ab konnte der Abt den Mistral nicht mehr ernennen, sondern bloss noch Vorschläge einbringen. Eine ergänzende Urkunde von 1477 sicherte der Gemeinde sogar im Geiste staatskirchlicher Tendenzen ein Einspracherecht bei der Aufnahme von Novizen. Die Rolle der früheren Klostervögte schien nun die Gemeinde selber zu übernehmen. Andererseits inkorporierte das Kloster weitere Pfarreien und dehnte damit seine geistliche Macht bis Ems aus. Die Äbte liessen sich ihre Reichsprivilegien vom Kaiser bestätigen.
Modell der spätmittelalterlichen Klosteranlage